目的:评估全基因组测序（WGS）预测结核分枝杆菌对氟喹诺酮类药物耐药性的应用价值，并建立其耐药基因突变与耐药水平的量化关系。方法:以中国疾病预防控制中心结核病预防控制中心国家结核病参比实验室保存的2013—2020年不同耐药模式的296株结核病耐药监测菌株为研究对象，采用Sensititre TM MYCOTBI微孔板和WGS技术，检测结核分枝杆菌对氧氟沙星和莫西沙星的表型及基因型药物敏感性。以表型药敏结果作为金标准，计算WGS预测氟喹诺酮类药物敏感性的敏感度、特异度和一致性等指标。对耐药突变位点与耐药水平的分布进行汇总分析。采用配对χ 2检验检验比较两种检测方法检出率的差异， P<0.05为差异有统计学意义。 结果:296株不同耐药模式的结核分枝杆菌包括196株利福平耐药，50株其他耐药菌株和50株全敏感菌株。WGS共检测到81株结核分枝杆菌携带氟喹诺酮类药物耐药相关突变，其中以gyrA94、90及91密码子突变为主。WGS预测氧氟沙星的敏感度、特异度和一致性（Kappa值）分别为86.5%、98.1%和0.87。WGS预测莫西沙星的敏感度、特异度和一致性分别为80.0%、99.5%和0.83。表型药敏试验对氧氟沙星耐药检出率与WGS的耐药检出率差异无统计学意义（30.1%比27.4%，χ 2=3.06， P=0.08）。表型药敏试验对莫西沙星的耐药检出率（33.8%，100/296）高于WGS的耐药检出率（27.4%，81/296），差异有统计学意义（χ 2=15.43， P<0.01）。耐药突变位点与耐药水平的分布分析结果表明，不同耐药突变位点对应的最低抑菌浓度不同，其中多位点组合突变、gyrA_D94G、gyrA_D94Y、gyrA_D94N主要对应高水平耐药，而gyrA_D94A、gyrA_A90V、gyrA_S91P主要对应低水平耐药。 结论:WGS对氟喹诺酮类药物耐药性的预测有较好的敏感度、特异度和一致性，并可在一定程度上预测其耐药水平的高低。