背景沙眼是眼科的常见疾病,近年来,其病原体类型在中国鲜有报道。目的鉴定门诊沙眼患者病原体的基因类型。方法收集2003年1月至2006年8月在北京同仁医院眼科确诊为沙眼的16例患者的眼部样本,应用沙眼衣原体特异性引物,采用套式聚合酶链反应（n-PCR）扩增沙眼衣原体主要外膜蛋白基因第4可变区序列（VS4）片段,扩增产物测序后,采用分子生物学软件Clustal X及MEGA2对所测序列进行分析,与基因库中已有序列及中国沙眼流行地区病原体类型进行比较,分析门诊沙眼衣原体的基因型特点及与其他国家和地区沙眼衣原体株的基因型异同。结果沙眼衣原体的MOMP基因扩增产物为277bp的基因片段,收集的16例临床标本中,有3种类型的沙眼衣原体株,其中B型者9株,占56.3%;C型者4株,占25.0%;D型者3株,占18.7%。本研究中沙眼衣原体B型和C型株与基因库中及中国沙眼流行地区同类型者基因序列差异较小,高度同源,但D型株间则有一定差异。结论沙眼衣原体的基因型鉴定可以对流行性沙眼和包涵体性结膜炎患者进行鉴别。