目的对比分析脑脊液病原宏基因组第二代测序技术（mNGS）、传统病原学检测与临床最终诊断中枢神经系统感染的符合程度,探讨脑脊液病原mNGS测序的送检标准。方法 2017年3月至2020年4月首都医科大学附属北京同仁医院对35例需排除中枢神经系统感染的患者送检脑脊液标本,同时行脑脊液病原mNGS测序和传统病原学检测,分别计算两种检测方法的灵敏度、特异度和Youden指数;绘制受试者工作特征（ROC）曲线并计算曲线下面积（AUC）,比较两种检测方法的诊断效能。根据送检脑脊液病原mNGS测序的客观标准进行评分（满足1项计为1）,计算不同评分下mNGS测序的阳性符合率。结果 35例患者中19例临床最终诊断为中枢神经系统感染。有18例脑脊液病原mNGS测序呈阳性,总阳性率为51.43%（18/35）;有17例传统病原学检测呈阳性,总阳性率约48.57%（17/35）。临床最终诊断为中枢神经系统感染的患者中17例mNGS测序呈阳性,其诊断灵敏度为17/19、特异度为15/16,Youden指数为0.832;14例传统病原学检测呈阳性,其诊断灵敏度为14/19、特异度为13/16,Youden指数为0.612。ROC曲线显示,脑脊液病原mNGS测序的曲线下面积为0.916（95%CI:0.822～1.000,P=0.000）;传统病原学检测的曲线下面积为0.806（95%CI:0.674～0.938,P=0.000）;二者诊断效能差异无统计学意义（Z=1.245,P=0.213）。根据送检脑脊液病原mNGS测序的客观标准评分,mNGS测序的阳性符合率分别是0为0/4、1为0/2、2为1/8、3为3/4、4为4/6、5为3/4、6为6/7,随着评分的增加,mNGS测序阳性符合率呈升高趋势,其中评分≥3组mNGS测序阳性符合率高于评分(3组（16/21对1/14;Fisher确切概率法:P=0.000）。结论脑脊液病原mNGS测序可以辅助明确诊断中枢神经系统感染,进一步按照基于临床和常规辅助检查的客观标准送检脑脊液可以提高mNGS测序的阳性符合率。