调查2009～2010年上海地区人群急性呼吸道感染(ARTI)的病毒性病原,探讨2009甲型H1N1流感暴发背景下呼吸道感染病毒病原谱的构成.采用套式多重反转录-聚合酶链反应(RT- PCR)和实时荧光定量RT-PCR方法,对来自2 044例患者的2 044份标本(包括2 005份鼻咽拭子和39份肺泡灌洗液),同时检测腺病毒(ADV)、副流感病毒(PIV)、甲型流感病毒(FluA)、乙型流感病毒(FluB)、微小核糖核酸病毒、呼吸道合胞病毒(RSV)、人偏肺病毒(hMPV)、冠状病毒(CoV)和人博卡病毒(HBoV).其中,656 (32.09%)份标本经呼吸道病毒检测为阳性,52份标本为双重感染.FluA检出率最高(13.36%),其后依次为微小核糖核酸病毒(10.23%)、FluB(4.84%)、ADV(1.96%)、PIV(1.76%)、RSV(1.32%)、CoV(0.59%)、hMPV(0.39%)和HBoV(0.20%).但各月病毒检出率分布不均,2009和2010年呼吸道病毒检出率高峰出现在当年11月(53.07%和65.59%),低谷都出现在当年5月,且2009年5~9月的病毒检出率高于2010年同期(32.02% vs 15.38%,P<0.05).其中,2009甲型H1N1流感暴发导致2009年10月～2010年1月2009甲型H1N1流感病毒占当月检出FluA的100%,2009年6～9月也占当月检出FluA的较高比率,依次为90.91%(20/22)、75.00%(15/20)、48.00%(12/25)和56.25%(18/32).比较甲型H3N2流感病毒和2009甲型H1N1流感病毒分别在上呼吸道感染(URTI)和下呼吸道感染(LRTI)中的检出率,无统计学差异(URTI,85.29% vs 76.61%;LRTI,14.71% vs 23.39%;P>0.05).呼吸道病毒检出率还与年龄相关,0～4岁组和5～14岁组病毒检出率高于其他年龄组.在0～4岁及≥65岁组中,微小核糖核酸病毒检出率最高,FluA次之;其余年龄组中FluA检出率最高.混合感染中15岁以下儿童占50%(26/52),微小核糖核酸病毒与其他病毒混合感染占84.62%(44/52).本研究表明,上海地区2009～2010年FluA是最常见的急性呼吸道感染病原,2009甲型H1N1流感病毒成为2009年FluA的优势亚型.微小核糖核酸病毒是混合感染中最常见的病原.结果提示,应长期监测主要呼吸道病毒的活动水平,并加强对微小核糖核酸病毒流行病学和致病性的研究.