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基于高通量基因表达数据库开发骨肉瘤预后相关的微小rna研究

Development of microRNA related to the prognosis of osteosarcoma based on GEO database

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收录情况: ◇ 统计源期刊

机构: [1]首都医科大学附属北京同仁医院骨科 [2]上海亚朋生物技术有限公司
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关键词: 骨肉瘤 高通量基因表达数据库 微小RNA 分子标志物

摘要:
目的筛选骨肉瘤失调微小RNA(microRNA),构建多基因预后模型,探索骨肉瘤的关键microRNA治疗靶标。方法通过高通量基因表达数据库(gene expression omnibus, GEO)中的GSE28423数据集,筛选相对于癌旁正常组织和骨肉瘤组织中的差异microRNA,并利用GSE39040数据集中的临床信息,分析这些差异microRNA对预后生存的影响;对关键microRNA的靶基因进行功能富集,探索关键microRNA的功能,构建基于关键microRNA的预后预测模型。结果共获得共166个差异microRNA,其中70个下调,96个上调(P(0.05),其中有3个microRNA对患者的总体生存率以及预后有显著影响(P(0.05),分别是hsa–miR–1、hsa–miR–153和hsa–miR–487b。构建由hsa–mi R–1、hsa–miR–153和hsa–miR–487b共同组成的预后预测模型,ROC结果显示该模型具有良好的预后预测性能(AUC=0.842 8,95%CI:0.741 7~0.943 9,P(0.000 1);功能富集分析也提示,hsa–miR–1、hsa–miR–153和hsa–mi R–487b所调控的靶基因,富集于细胞增殖、凋亡和上皮间充质转化等多个与肿瘤相关的功能(P(0.05)。结论has–mi R–1、has–miR–153和has–miR–487b可能在骨肉瘤的发生发展过程中发挥重要作用,并有望成为骨肉瘤生物分子标志物及治疗靶点。

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第一作者:
第一作者机构: [1]首都医科大学附属北京同仁医院骨科
通讯作者:
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