目的探索新冠肺炎疫情前后医院重点学科科室与非重点学科科室绩效状况,为常规疾病的诊治和医院管理提供参考。方法选取北京某三甲医院重点学科的眼底科和非重点学科心血管中心两个科室2019年度（疫情前）及2020年度（疫情后）同期相关绩效指标数据进行对照,数据内容包括出院人数、手术量、门急诊人次、三四级手术占比等医疗服务能力指标;平均住院日、床位使用率等医疗服务效率指标;甲级病案率、重点病例病案首页填报准确率、抗菌药物管理-抗菌药物强度和处方合格率等医疗质量与安全指标。结果相对于2019年度,2020年度1-6月份两个科室的门急诊人次、出院人次、手术量、床位使用率、周转率明显下降（均P(0.05）,眼底科病房的平均住院日明显下降（1.64±0.90 vs 3.68±0.24,P=0.001）,而心血管中心病房的平均住院日未见明显改变。两个病房的三四级手术占比未见明显改变,此外甲级病案率、病案首页填报质量、抗生素使用强度差异无统计学意义,而处方合格率较前明显改善（眼底科病房:97.90±0.99 vs 92.18±2.92,P=0.006;心血管中心病房:99.76±0.12 vs 96.18±0.26,P(0.001）。结论在疫情影响下,公立医院的重点学科与非重点学科科室在医疗服务能力均有下降,而医疗服务效率及安全治疗质量没明显改变。分析医院绩效管理制度可提高医疗效率,提升医疗资源使用率,同时也应重点关注重症患者及刚性需求患者和对慢性病的管理。