资源类型:
Pubmed体系:
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◇ 中华系列
文章类型:
机构:
[1]北京市耳鼻咽喉科研究所鼻病研究北京市重点实验室 100005
临床科室
耳鼻咽喉-头颈外科
研究所
耳鼻咽喉科研究所
首都医科大学附属北京同仁医院
首都医科大学附属同仁医院
咽喉科
[2]首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科 中国医学科学院慢性鼻病诊疗策略研究创新单元 100730
临床科室
耳鼻咽喉-头颈外科
外科
首都医科大学附属北京同仁医院
首都医科大学附属同仁医院
头颈外科
[3]首都医科大学附属北京同仁医院过敏科 100730
首都医科大学附属北京同仁医院
首都医科大学附属同仁医院
出处:
ISSN:
关键词:
慢性鼻窦炎伴鼻息肉
鼻黏膜上皮屏障
转录组
摘要:
目的:通过研究基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)患者与对照组鼻黏膜上皮细胞差异表达基因并分析其功能,寻找参与调控CRSwNP鼻黏膜上皮屏障功能损伤的关键基因。方法:2018年6月至2020年5月,从可公开获得的GEO数据库下载编号为GSE107624(7例CRSwNP和7例对照)和GSE69093(13例CRSwNP和11例对照)的mRNA表达芯片数据,对两个数据集进行联合分析,筛选CRSwNP患者鼻黏膜上皮细胞差异表达基因,并对差异基因进行相互作用网络、功能注释和参与调控通路分析,根据基因注释结果筛选参与CRSwNP调控的重要基因。同期,收集首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科CRSwNP患者鼻息肉组织(14例,46.8±17.9岁)和鼻中隔偏曲患者的钩突黏膜组织(7例,23.4±2.3岁)作为对照组,对组织进行原代上皮细胞培养,并提取RNA进行实时荧光定量聚合酶链反应(Q-PCR)检测,对筛选出关键基因的mRNA表达水平进行验证。采用SPSS 22.0软件对数据进行统计学分析。结果:GSE107624数据库中CRSwNP患者与对照组上皮细胞中差异基因为3 856个,GSE69093数据库中为771个。在2个数据库中,CRSwNP患者鼻黏膜上皮细胞同时表达上调的基因共55个,表达下调的基因共3个。对这58个基因进行GO基因功能注释分析发现
SPTBN1、
FNBP1L、
VAPB、
SNX1参与细胞黏附功能,
MAP1B参与微管相关复合体构成;京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析发现
BAMBI、
SIAH1参与调节果蝇无翅/整合素(Wingless/Integrated,Wnt)通路,
COL6A1、
EIF4E参与调节磷脂酰肌醇3-激酶-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(PI3K-AKT)通路;String蛋白相互作用网络分析发现微管相关蛋白1B(microtubule associated protein 1B,MAP1B)、VAMP相关蛋白B和C(VAMP associated protein B and C,VAPB)为核心功能蛋白。对筛选出差异倍数前3位基因(
COL6A1、
MAP1B和
BAMBI)进行Q-PCR验证,
MAP1B在CRSwNP患者鼻黏膜上皮细胞表达水平升高。
结论:CRSwNP鼻黏膜上皮细胞中表达水平升高的
MAP1B基因,以及相关的Wnt、PI3K-AKT信号通路调控异常可能介导了CRSwNP鼻黏膜上皮细胞屏障功能障碍。
基金:
北京市医院管理局“青苗”人才培养计划(QML20180201);北京市科技新星计划
(Z191 100001 119117);北京市优秀人才青年拔尖项目(2018000021223ZK12);北京市科技计划首都健
康保障培育研究项目(Z181100001618002)
PubmedID:
第一作者:
第一作者机构:
[1]北京市耳鼻咽喉科研究所鼻病研究北京市重点实验室 100005
通讯作者:
通讯机构:
[2]首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科 中国医学科学院慢性鼻病诊疗策略研究创新单元 100730
[3]首都医科大学附属北京同仁医院过敏科 100730
推荐引用方式(GB/T 7714):
蓝凤,王麒淇,张罗.慢性鼻窦炎伴鼻息肉鼻黏膜上皮细胞基因转录组分析[J].中华耳鼻咽喉头颈外科杂志.2021,56(10):1066-1072.