目的 分析1例隐球菌培养阴性，宏基因组测序检出新型隐球菌序列，隐球菌抗原检测阳性的自身免疫性脑炎并发肺隐球菌感染病例的诊治过程，旨在为临床诊断和治疗肺隐球菌病提供帮助。方法 分析1例血清隐球菌荚膜多糖抗原阳性、自身免疫性脑炎患者的临床资料，分别采用常规检测、生化检测、微生物培养和气管镜肺泡灌洗液宏基因组二代测序（mNGS）等方法进行复查，明确肺炎感染类型，并结合文献对肺隐球菌病进行复习讨论。结果 该例患者HIV检测阴性，痰液Xpert MTB/RIF结核分枝杆菌检测阴性；痰液、肺泡灌洗液细菌培养结果为正常菌群生长，隐球菌培养阴性；血培养阴性。脑脊液常规检测、生化检测、微生物培养结果均正常，隐球菌抗原阴性，墨汁染色未检出隐球菌；气管镜肺泡灌洗液mNGS结果提示新型隐球菌，序列数6,相对丰度46.15%,覆盖度0.001 0%。口服氟康唑治疗3个月后患者肺部CT检查结果显示右肺下叶类圆形结节影伴空洞较之前缩小。结论 临床工作中遇到免疫功能低下、且肺部影像学检查出空洞的患者，血清隐球菌荚膜多糖抗原和呼吸道标本mNGS联合检测可以有效辅助临床对肺隐球菌病的诊疗。