目的探讨药物相关性分子靶标检测对儿童恶性实体肿瘤个体化治疗的指导作用。方法回顾性分析2017年6月至2019年3月首都医科大学附属北京同仁医院40例恶性实体肿瘤患儿的临床资料。应用免疫组织化学、聚合酶链反应及测序方法对相关的肿瘤药物分子靶标的表达量及突变进行测定,比较不同靶标所对应的抗肿瘤药物对实体肿瘤的化疗有效率及毒副反应发生率。结果 40份肿瘤组织样本中,共检测出4个肿瘤药物相关靶点,分别为DNA拓扑异构酶-ⅡA（TOPOⅡA）、β3-微管蛋白（Tubulinβ3）、DNA拓扑异构酶-Ⅰ（TOPOⅠ）和二氢叶酸还原酶基因位点多态性[DHFR （C829T）]。铂类、甲氨喋呤、伊立替康、长春碱类和蒽环类化疗药物对儿童恶性实体肿瘤的化疗有效率分别为90.0% （36/40）、85.0% （34/40）、70.0% （28/40）、67.5% （27/40）、62.5% （25/40）。伊立替康、甲氨蝶呤、长春碱类对间叶源性肿瘤的化疗有效率分别为68.9%（20/29）、62.1%（18/29）、68.9%（20/29）,显著高于非间叶源性肿瘤的18.2%（2/11）、36.4%（4/11）、36.4%（4/11）,差异均有统计学意义（χ2=5.487、15.345、17.278,均P(0.05）,铂类药物对非间叶源性肿瘤的化疗有效率为72.3%（8/11）,显著高于间叶源性肿瘤的58.6%（17/29）,差异有统计学意义（χ2=11.231,P(0.05）。毒副反应强度从大到小依次为蒽环类)铂类)甲氨喋呤)长春碱)伊立替康。结论对不同肿瘤药物相关分子靶标、不同源性肿瘤对同一抗肿瘤药物的敏感性及毒副反应进行了预测,为个体化治疗儿童恶性肿瘤提供了一定的理论基础与临床依据。