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基于geo数据集分析嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉的潜在诊断基因

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资源类型:

收录情况: ◇ 统计源期刊 ◇ CSCD-E

机构: [1]首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科,耳鼻咽喉头颈科学教育部重点实验室(首都医科大学),北京市耳鼻咽喉科研究所,教育部工程中心,鼻病研究北京市重点实验室,中国医学科学院慢性鼻病创新单元 [2]首都医科大学附属北京同仁医院变态反应科
出处:

关键词: 嗜酸细胞 鼻窦炎 基因组学 数据库 嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉 非嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴数据库 非嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉 转录组学 GEO数据库 诊断模型

摘要:
目的 本研究利用GEO数据库中的RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)数据,筛选出对嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉(eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps,ECRSwNP)具有潜在诊断价值的基因。方法 共获得3个数据集数据,分别根据CST1和CLC基因的表达水平将样本分为ECRSwNP和非嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉(nonECRSwNP)两组。使用R软件及算法建立ECRSwNP的诊断模型并检测其性能。结果 将每个数据集均分为两组GSE136825(ECRSwNP 7、nonECRSwNP 19),GSE72713(ECRSwNP 3、nonECRSwN 3),GSE179265(ECRSwNP 11、nonECRSwNP 2)。基于支持向量机(support vector machine,SVM)算法构建的上调基因模型(ADH1C、CCL26、HRH1、NOS2)和下调基因模型(LCN2、MUC5B、PLAT、TMEM45A、XDH)的ECRSwNP诊断性能表现出色。结论 基于SVM模型鉴定出的基因可能成为无创诊断ECRSwNP的生物学标志物,也可能在ECRSwNP发病机制中扮演关键角色。

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第一作者:
第一作者机构: [1]首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科,耳鼻咽喉头颈科学教育部重点实验室(首都医科大学),北京市耳鼻咽喉科研究所,教育部工程中心,鼻病研究北京市重点实验室,中国医学科学院慢性鼻病创新单元
通讯作者:
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