资源类型:
收录情况:
◇ 统计源期刊
◇ CSCD-E
文章类型:
机构:
[1]首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科,耳鼻咽喉头颈科学教育部重点实验室(首都医科大学) 北京 100730
临床科室
耳鼻咽喉-头颈外科
外科
首都医科大学附属北京同仁医院
首都医科大学附属同仁医院
头颈外科
[2]内蒙古自治区人民医院耳鼻咽喉科 内蒙古 呼和浩特 010010
[3]首都医科大学附属北京同仁医院病理科,头颈部分子病理诊断北京市重点试验室 北京 100730
医技科室
病理科
首都医科大学附属北京同仁医院
首都医科大学附属同仁医院
出处:
ISSN:
关键词:
肿瘤
鳞状细胞
微RNAs
芯片分析技术
计算生物学
摘要:
目的 miRNA芯片筛选与喉鳞状细胞癌(1aryngeal squamous cell carcinoma,LSCC)形成相关的差异miRNA s,结合生物信息学分析确定并进一步验证具有诊疗价值的目标miRNAs。方法AffymetrixGeneChipmiRNAArray3.0芯片对5对LSCC组织及相应的癌旁组织行差异miRNAs的筛选,原始数据上传Gene Expression Omnibus数据库。采用Mev软件中配对方式t检验进行芯片探针的差异分析,经Affymetrix Analysis Center分析后将差异探针转换为差异表达的miRNAs;选择我们前期工作确定的微小染色体维持蛋白4(mini chromosome maintenance protein4,MCM4)作为核心基因,采用Mirfocus数据库生物信息学分析MCM4的调控miRNAs并结合相关文献确定目标miRNAs;采用RT-PCR在另外21对LSCC组织及相应的癌旁组织中验证目标miRNAs。结果经差异筛选分析,有127个差异表达的miRNAs,其中78个miRNAs在肿瘤组织中高表达,49个miRNAs在肿瘤组织中低表达;采用Mirfocus数据库生物信息学分析参与核心基因MCM4的调控miRNAs并结合相关文献,确定高表达的hsa-miR-183-5p、hsa-miR-24-3p为与MCM4调控作用相关的目标miRNAs;hsa-miR-30a-5p为另一个潜在的目标miRNA,且在肿瘤组织中低表达;通过RTPCR验证这3个差异表达的目标miRNAs与芯片筛选结果一致。结论基于miRNAs芯片筛选分析得到的hsa-miR-183-5p、hsa-miR-24-3p及hsa-miR-30a-5p对LSCC的发生发展具有重要调控作用,可作为潜在的诊疗靶点。
基金:
北京市医管局扬帆计划(XMLX201311);;北京市科委重点项目(Z141107002514003);;内蒙古自治区自然科学基金面上项目(2015MS0834)联合资助;
第一作者:
第一作者机构:
[1]首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科,耳鼻咽喉头颈科学教育部重点实验室(首都医科大学) 北京 100730
通讯作者:
推荐引用方式(GB/T 7714):
廉猛,翟杰,王茹,等.基于mirnas芯片的喉鳞状细胞癌致癌机制的初步分析[J].中国耳鼻咽喉头颈外科.2016,23(09):501-506.