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人葡萄膜黑色素瘤组织中差异表达基因及相关代谢通路的分析

Analysis of differentially expressed genes and metabolic pathways in human uveal melanoma

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收录情况: ◇ 统计源期刊 ◇ 北大核心 ◇ CSCD-C ◇ 中华系列

机构: [1]首都医科大学附属北京同仁医院眼科 [2]北京佑安医院眼科 [3]首都医科大学附属北京同仁医院北京同仁眼科中心北京市眼科学与视觉科学重点实验室
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关键词: 黑色素瘤/基因 葡萄膜肿瘤 基因表达谱 肿瘤基因表达调控 基因组学/方法 聚类分析 表达谱芯片

摘要:
背景人葡萄膜黑色素瘤(UM)组织与正常组织中存在差异表达基因,但国外不同文献报道的结果不尽一致,而国内对人UM基因表达的改变及其相关的作用通路的研究较少。目的应用基因芯片技术探讨人UM中差异表达的基因,分析差异基因参与的重要信号通路。方法收集在北京同仁医院因原发性UM行眼球摘除并经组织病理学证实为梭形细胞型UM的组织标本4例,以正常供体葡萄膜组织作为对照组。利用Human Genome U133 Plus 2.0芯片技术筛查2种组织中基因表达的差异,并使用GOEAST富集分析软件对差异基因的重要生物学功能及参与的通路进行分析。结果与正常的葡萄膜组织对比,人UM中有4 165个差异基因,占12.50%,其中包含1 236个上调基因和2 929个下调基因,分别占3.71%和8.79%。人UM组织中上调5倍或以上基因为113个,下调50%的基因为1 053个;上调10倍或以上的基因为21个,下调90%或以上的基因为422个;上调50倍或以上的基因为1个,下调98%或以上的基因为33个;上调100倍或以上的基因为1个,下调99%或以上的基因为5个。按功能学分类表明,差异表达基因中包括细胞分化与增生基因、发育相关基因、细胞黏附相关基因、免疫应答基因、调节转录基因、信号转导相关基因、凋亡以及抗凋亡相关基因等;差异表达基因参与的代谢通路涉及血管形成过程的代谢通路、细胞周期相关的蛋白激酶通路以及B淋巴细胞或T淋巴细胞的代谢通路等。结论人UM组织与正常人葡萄膜组织中基因表达谱明显不同,这些差异表达的基因除参与血管生成、激酶通路等已知的UM发育有关的代谢通路外,还涉及免疫系统的变化。人UM的发生和进展是多种基因、多种通路共同作用的结果。

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第一作者机构: [1]首都医科大学附属北京同仁医院眼科 [2]北京佑安医院眼科
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