目的:比较慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者与健康人群的鼻腔微生物组学差异,前瞻性观察以手术为中心的综合治疗对鼻腔微生物组学的影响。方法:采用病例对照及前瞻性自身对照研究,收集拟行手术治疗的CRSwNP患者的中鼻道分泌物,并进行为期3个月的随访,间隔为1个月,同时募集健康志愿者收集其中鼻道分泌物。以第二代高通量测序法进行鼻腔微生物组学分析,对所有研究对象进行主客观评分,并行相关性分析。结果:（1）实验组术前与对照组的微生物α多样性分析差异无统计学意义,其Shannon指数分别为4.41和3.89;但实验组术后α多样性存在动态变化过程,术后1、2、3个月的Shannon指数分别为2.33、2.89、4.24,呈先下降后上升的变化。β多样性分析实验组术前较对照组蓝细菌门平均相对丰度（MRA）高（P(0.05）,术后蓝细菌门MRA下降,至术后3个月时与术前比较差异有统计学意义（P(0.05）,并且与对照组接近。（2）鼻腔微生物组与临床伴随因素及预后比较发现,假单胞菌属与Lund-Kennedy评分及是否伴随哮喘呈正相关性（r=0.397,P=0.012;r=0.420,P=0.008）;弯曲菌属与SNOT-22评分改善幅度呈负相关性（r=-0.63,P=0.038）,肠球菌属与Lund-Kennedy评分改善幅度呈负相关性（r=-0.77,P=0.005）。结论:以手术为中心的综合治疗对鼻腔微生物组重构起重要作用。假单胞菌属可能会加重鼻窦炎以及增加合并哮喘的风险,手术预后可能受弯曲菌属和肠球菌属的影响。