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◇ 统计源期刊
文章类型：
机构：
[1]首都医科大学附属北京同仁医院普外科,北京 100730
首都医科大学附属北京同仁医院
临床科室
外科（未分亚科）
普外科
[2]山西医科大学第一医院肝胆胰外科,太原 030001
出处：
ISSN：
关键词：
肝细胞癌
公共数据库
预后评价
甲基化
列线图
摘要：
利用甲基化CG位点建立并验证肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后相关模型是当前的研究热点.利用R语言平台分析肝癌基因组图谱数据库(TCGA-LIHC)和基因表达综合数据库(GSE136380)甲基化组学数据,采用limma包分析TCGA-LIHC和GSE136380数据差异甲基化CG位点,采用wgcna包对GSE136380进行加权基因共表达网络分析,确定三者交集为关键甲基化CG位点集,共获得83个甲基化CG位点.利用LASSO-COX风险比例回归分析筛选出6个甲基化CG位点,包括cg15744128、cg24282479、cg17922226、cg13090969、cg23505966和cg08708079,构建并验证HCC外科切除术后的预后模型.拟合模型在训练集中1、3和5年的AUC分别是0.756(95％CI:0.644～0.876)、0.749(95％CI:0.638～0.854)和0.797(95％CI:0.661～0.920);测试集中1、3和5年的AUC分别为0.848(95％CI:0.680～0.990)、0.833(95％CI:0.697～0.974)和0.685(95％CI:0.553～0.903).Kaplan-Meier曲线展示出模型能精准鉴别出HCC切除术后的预后差的高危患者(logrank检验P<0.001)和易复发患者(logrank检验P<0.001),研究结果有助于进一步制定治疗方案使患者受益.
基金：
山西省应用基础研究计划项目（201901D211480）
第一作者：
第一作者机构：
[1]首都医科大学附属北京同仁医院普外科,北京 100730
通讯作者：
推荐引用方式(GB/T 7714)：
李冠群,梁超杰,夏峰.基于甲基化组学数据建立并验证肝细胞癌预后评价模型研究[J].生物技术进展.2023,13(02):282-290.
