目的基于转录组测序技术筛选甲状腺微小乳头状癌（papillary thyroid microcarcinoma,PTMC）淋巴结转移相关的差异表达基因,生物信息学进一步分析探讨具有调控作用的分子通路并寻找功能性靶向基因。方法应用转录组测序技术对9例惰性和7例局部淋巴结转移的PTMC进行差异表达基因的筛查,并对差异基因进一步行生物信息学在线分析。结果共筛选出1805个差异基因。经GO数据库分析,差异基因主要聚类在细胞黏附、细胞凋亡、细胞增殖、细胞分裂的调控、MAPK级联等集合中（P(0.05）;经KEGG数据库分析,局部黏着斑通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药通路、PI3K-Akt信号通路、p53信号通路以及癌症途径通路差异基因富集的显著程度高（P(0.05）,是应关注的关键通路;其中功能性下调基因PTEN差异表达明显,富集程度较高,处于信号通路的核心调控位置,是与PTMC淋巴结转移相关的重要基因（P(0.05）。结论惰性及伴随淋巴结转移的PTMC在基因表达的整体模式上存在明显差异,而PTEN基因是需要重点关注的与PTMC淋巴结转移相关的潜在功能性靶向基因。