目的评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱直接涂靶法（质谱直涂法）快速鉴定丝状真菌的临床应用价值。方法对2010年1月至2017年12月首都医科大学附属北京同仁医院临床标本中分离的133株丝状真菌分别进行形态学、基因序列分析及质谱直涂法鉴定,并将鉴定结果进行分析比较。采用SPSS 16.0软件进行统计分析,计数资料采用χ2检验。结果以基因序列分析结合形态学鉴定的结果为标准,将133株丝状真菌鉴定到种、复合群和属的鉴定率:质谱直涂法分别为64.66%、79.70%和96.24%,基因序列分析则分别为69.17%、83.46%和99.25%,而形态学鉴定分别为68.42%、84.21%和93.23%。质谱直涂法与另外两种方法的种、复合群和属的鉴定率的差异无统计学意义（χ2值分别为0.611、0.625、2.728和0.516、0.915、1.206,P值均)0.05）。质谱直涂法将77株曲霉属中61.04%、88.31%和98.70%的菌株分别鉴定到种、复合群和属,将14株青霉属中64.29%和92.86%的菌株分别鉴定到种和属,还将42株其他丝状真菌中的71.43%和92.86%的菌株分别鉴定到种和属;因数据库中真菌种类不足,致3.76%（5/133）的真菌无效鉴定。结论 MALDI-TOF MS直接涂靶法鉴定丝状真菌的能力可与形态学鉴定和基因序列分析相媲美,因其快速且操作简便,临床应用值得推广。