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应用生物信息学分析筛选与鉴定宫颈癌的关键生物标志物

Bioinformatics analysis for screening and identifying the key biomarkers of cervical cancer

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机构: [1]内蒙古医科大学研究生学院 [2]内蒙古自治区人民医院妇产科 [3]首都医科大学附属北京同仁医院妇产科
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关键词: 宫颈肿瘤 计算生物学 差异表达基因 生物学标记

摘要:
目的探讨应用生物信息学技术分析筛选与鉴定宫颈癌的关键致病基因。方法应用TCGA数据库挖掘宫颈癌相关数据,该数据包含307个样品病例,21 277个基因。通过TCGA软件分析,获得最有突变价值的20个差异表达基因(DEGs)。应用NetworkAnalyst对DEGs进行GO富集分析和KEGG信号通路分析。采用STRING数据库构建DEGs的蛋白质互作网络。最后由TCGA软件对307样品中的294个样品绘制生存分析曲线。结果 TCGA软件分析获得20个DEGs。在生物途径中DEGs主要富集于横纹肌收缩、蛋白质O-连接的糖基化、翻译后蛋白质修饰等,在细胞定位中主要富集在肌节、肌原纤维、收缩纤维,在分子功能中主要富集于钙离子、肌动蛋白、细胞骨架蛋白结合等。DEGs的信号传导通路主要富集于cAMP信号通路、HIF-1信号通路、FoxO信号通路、JAK-Stat信号通路、Notch信号通路等肿瘤信号通路。应用蛋白质互作网络筛选出前5对相关性最强的DEGs。294个样品生存分析显示5年生存率在60%以上,10年生存率为50%左右。结论利用生物信息学分析宫颈癌患者的DEGs和通路可以帮助推测宫颈癌发生的分子机制。

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第一作者:
第一作者机构: [1]内蒙古医科大学研究生学院 [2]内蒙古自治区人民医院妇产科
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